本分校は、筋ジストロフィー専門病棟を有し、呼吸管理等で最先端の技術をもつ北海道医療センターに隣接しており、生徒は、入院しながら本分校に通学しています。また、市立札幌山の手支援学校が併設されており、特別教室や体育館などは共有で使用しています。

校含は５階建てで、本分校は５階を生徒用教室、４階職員室、３階を特別教室として使用しています。なお２階は、市立札幌山の手支援学校の教室と なっております。

生徒は、電動車いす、補助電動車いす、バギーなどで移動しているため、校舎は段差の無い作りになっており、各階の移動は２基の大型エレベーターを使用しています。トイレには、カーテンやひじ掛けバー、ウォシュレットなどが完備されています。教室には、車いすに乗った高さで操作しやすいよう電気のスイッチが、下の方に取り付けられています。また、机も生徒の車いすの高さに合わせて調整できるようになっています。

 中学部・高等部は週２８時間の授業を行っています。

普通学級では、普通学校に準ずる教育内容で、国語や数学、理科、 社会、英語など基礎学力が身に付けられるよう指導を行っています。重複学級では、自立活動や、生活単元学習などの教科等を合わせた指導、国語や算数・数学などの教科別の指導など、生徒の実態に応じて指導を行っています。また、医療センターに入院していて登校できない生徒へは、ベッドサイドへ教諭が出向いて指導を行っています。